Ende des 17. Jahrhundert kamen erste Familien in den Norden von Trassenheide, um hier zu siedeln. 1823 dann wurde von dem Oberpräsident von Sack aus diesem losen Verbund die Fischerkolonie mit Namen "Hammelstall" gegründet, und dass in "einer öden Strandgegend".
1913 benannten sich die Hammelstaller aus Imagegründen nach dem Trassenmoor in Trassenheide um.

Zusammen mit dem nördlicher gelegenen Karlshagen dienten die beiden Orte der Bearbeitung und dem Einholen des Fischfanges sowie der Bewirtschaftung der sich im Hinterland anschließenden Wald- und Wiesenflächen. Während der Zeit des Nationalsozialismus diente Trassenheide als Quartier für die Heeresversuchsanstalt und später in der DDR der NVA. Im Norden des Ortes befand sich das Lager von Zwangsarbeitern, welches bei einem Bombenangriff der Alliierten zerstört wurde.

Zu DDR-Zeiten war Trassenheide ein kleiner Industriestandort u.a. für chirurgische Instrumente und Fischverarbeitungsmaschinen. Nach dem Umbruch 1989/1990 wurden diese geschlossen und haben den Weg freigemacht für den Tourismus.

Schon seit 2002 schmückt sich Trassenheide mit der „Blauen Flagge“. Dieses Zeichen steht als Beleg für einen umweltbewussten Umgang mit Landschaft und Natur.